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通过分子内点击反应形成的核苷大环

通过分子内点击反应形成的核苷大环:用5'-叠氮基残基和5-辛二炔基侧链修饰的嘧啶核苷的有效环化


在TBTA存在下促进铜(I)促进的“点击”环化,在不使用保护基团的情况下以非常高的产率(约70%)提供核苷大环化合物。为此,合成了在核苷碱基的5-位上具有octadiynyl侧链并在糖部分的5'-位具有叠氮基的dU和dC衍生物。大环显示可自由访问的Watson-Crick识别站点。从X射线分析和1 H,1 H-NMR偶合常数推导出16元大环的构象与固态相比,糖构象(NS)在溶液中是不同的。

关键词: 点击环化; 构象; 大环; 核苷; X-射线


大环的领域是由Ruzicka的工作和他对环酮麝香酮和猕猴桃的结构分析[1]开始的其他经典实例是环肽如缬氨霉素和环状低聚糖如环糊精[2-4]最近对文献进行了综述[5]而且,寡核苷酸形成通常存在于质粒DNA中的环状结构。单体嘌呤和嘧啶核苷形成较小的环系统,称为环核苷,在糖部分内或在核碱基和糖残基之间掺入O,N或S-桥[6]

大环化合物可以通过各种化学反应获得[7-10]通常,需要若干保护和去保护步骤来控制环化过程。分子的预组织有助于使环化更有效。已经执行叠氮 - 炔烃“点击”化学以产生环肽[11-13],环状寡核苷酸[14-17]和其他大环系统[18-25]构建了具有三唑键的DNA模拟物[26,27]点击反应用于产生环状ADP-核糖第二信使模拟物[28]使用MM +能量最小化的建模研究表明,当炔基侧链在5-位上官能化核碱基并且叠氮基取代基取代糖5'-羟基时,嘧啶核苷是环状分子的有用合成子。当进行铜(I) - 叠氮 - 炔环加成[29-31]时,应该可以获得环状分子(图1由此产生的“核苷”代表了多种分子的新先导。从环状分子获得单晶X射线分析。在溶液和固态下研究糖构象。

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图1:使用Hyperchem 8.0.10 通过MM +模拟获得的源自dC(左)和dU(右)的两个大环的能量最小化模型两者都显示了Watson-Crick识别站点的可访问性。

dC [32-35]的辛二炔基衍生物1合成5'-叠氮基-2',5'-双脱氧胞苷2的原料早些时候,核苷前体1用于DNA交联和标记[36]保护的核苷1用等摩尔量的四溴化碳和三苯基膦和五倍过量的叠氮化钠处理,得到叠氮衍生物2(37%)和二聚副产物3(4.5%,方案1[37]5'azido-dC衍生物的中等产率是由不完全转化产生的。可能,用于Sonogashira交叉偶联和高底物浓度的铜痕迹引发了叠氮化物2的二聚化然而,未观察到对大环的分子内环化。


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方案1: 5'-叠氮基-2',5'-二脱氧核糖核苷2,大环4和二聚化合物3(分离的)和5(未检测)的合成

接下来,将5'-叠氮基化合物2用于铜(I)催化的叠氮化物 - 炔烃环加成(CuAAC)“点击”反应[38,39]以构建大环3在这方面,必须考虑两种反应途径:(i)导致大环的分子内“点击”反应或(ii)形成二聚体或寡聚化合物的分子间“点击”反应。为了更深入地了解,“点击”反应在不同的反应条件下进行。首先,在硫酸铜(II)和抗坏血酸的存在下,2进行铜(I)促进的“点击”反应TLC监测显示环化失败。

然后,加入三(苄基三苯甲酰基甲基)胺(TBTA)[40-42]作为催化剂,形成大环4,产率71%,这对于分子内环化非常高。未检测到二聚体产物3和环状二聚体5显然,由于反应加速和原料浓度相当低(Ruggli-Ziegler稀释原理),环化反应优于二聚体的形成[43]

为了测试分子内“点击”反应的效用,在dC上进行的反应顺序是用5-(1,7-辛二炔基)-dU(6[32,33,44]进行的使用与上述相同的反应条件将后者转化为5'-叠氮基-dU 7方案2)。通过这种方式,分离化合物7,收率73%。然后,单击环化。与环状dC衍生物4相反,即使在不存在TBTA的情况下,dU大环8也可以以46%的产率分离。然而,当加入TBTA时,环化产率显着提高(69%)。这证明了核碱基对分子内环化反应的影响。


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