ACS Chem. Biol. | 化学多样性“超级支架”文库的虚拟筛选使关键GPCR靶标的配体发现成为可能

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推荐一篇发表在ACS Chemical Biology上的文章,文章的题目是:Virtual Screening of a Chemically Diverse “Superscaffold” Library Enables Ligand Discovery for a Key GPCR Target通讯作者南加州大学的Valery V. FokinVsevolod KatritchValery V. Fokin副教授的研究方向是理解化学反应性及其在化学、生物学和材料科学中的应用,Vsevolod Katritch教授是一名计算生物学家和计算化学家,专注于3D分子建模和生物信息学工具的开发和应用,以探索膜蛋白的结构、功能和药理学,特别是GPCR超家族。


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尽管最近科学技术取得了进步,但开发新药的成功率仍然只有4%,从研究到临床应用的过渡成本估计高达28亿美元,决定新药研发的成功与否,一个重要的限制是用于筛选的化合物文库的规模和多样性。最近平行合成技术的创新使得超大虚拟化学文库快速发展,通过将有机合成的新方法纳入基本的构建模块,可以使这些库进一步多样化。
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由于-SO2F官能团的高稳定性和选择性反应活性,有机硫(VI)氟化物化学的最新进展点燃了人们对这种新型可点击支架的兴趣,硫氟交换反应具有高选择性和精细的反应活性,非常适合功能分子的快速合成,作者使用了方案1所示的反应(Scheme 1),生成了包含约1.4亿种化合物的多样化虚拟文库,随后通过计算对接,利用该小分子库,针对大麻素II型受体(Cannabinoid type II receptor, CB2)进行筛选,CB2在调节中枢神经系统和免疫系统信号传导中发挥关键作用,被认为是疼痛,炎症调节和纤维化疾病,以及癌症潜在治疗的重要靶点。
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作者从计算筛选获得了前500个化合物中进行挑选,考虑的因素包括:(1) 由卤化物前提合成的叠氮化物优于醇前体;(2) 优先考虑伯胺而非仲胺;(3) 最终产品的立体性和稳定性可能引起的并发症。最终作者选择了14种化合物进行合成,对其中的11个化合物进行功能测试,其中化合物BRI-13912的亲和性最好。
总之,作者利用硫氟化物的反应探索了新的化学空间,创建了一个由数亿种化合物组成的组合文库,作者使用高分辨结构结合合理设计的拮抗剂AM10257筛选CB2拮抗剂的虚拟文库,最后合成预测最高的化合物进行体外CB2结合和功能拮抗测试,实验证实的命中率为55%,该研究表明氟化硫交换在多样化超大化学空间种的有效性,促进了重要生物靶点的新先导化合物的发现。
本文作者:YSL
责任编辑:ZJ
原文链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschembio.3c00602
原文引用:10.1021/acschembio.3c00602



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