Angew. Chem. :Sordarin的生物合成研究揭示了一类新颖Diels-Alder酶

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Sordarin是一类真菌二萜糖苷类产物,通过抑制延伸因子EF2显示出强大的抗真菌生物活性。鉴于sordarin的成药潜力,多个课题组对其开展全合成研究,然而,由于sordarin结构的复杂性,全合成的步骤长,总收率低。Sordarin在自然界中的形成是高效和简洁的,其生物合成路径被推测。然而,详细的生物合成步骤,尤其是基因簇中的P450酶如何催化5/8/5环二萜框架以生成双烯体和亲双烯体以进行随后的Diels-Alder(D-A)反应,并且D-A反应(如果确实存在)是否是酶促的仍不清楚。


近日,南京大学的戈惠明团队报道了从cycloaraneosene到sordarin完整的生物合成途径。阐述了5/8/5环二萜骨架到sordaricin骨架的过程,其中,SdnG被鉴定为一类新的D-A酶,该酶能够加速催化D-A反应构建重排后的sordaricin骨架,并通过SdnG的X射线晶体结构分析揭示了其可能的反应机理。



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首先,通过生物信息学分析生物合成基因簇,利用体内基因敲除和中间体结构分离鉴定推测各个基因的功能。随后利用生物转化和异源表达实验证明了4个P450氧化酶SdnB、SdnE、SdnF、SdnH在重排过程中的功能,SdnB先负责连续羟基化形成临二醇结构7,并在后续中二次氧化开环形成双醛基12;SdnH负责去饱和形成环戊二烯结构10;SdnF负责将C9醛转化为羧酸基团,加速IMDA生成11;SdnE负责催化C18羟基化形成sordaricin。


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然后,通过体外酶学实验鉴定了一个新的D-A酶SdnG。羧基醛基产物19虽然可以自发的发生D-A反应,但是比较缓慢,SdnG可以将其快速完全转化成降冰片烯产物11,其催化动力学常数为Km = 17.71 ± 2.7 μM和kcat = 101.7 ± 3.5 min-1。随后在酿酒酵母中重构sordaricin的生物合成路径,实现了sordaricin (2)的生成,为sordaricin (2)的产生构建了异源表达平台。


通过蛋白晶体结构、分子对接以及点突变实验推测了D-A酶SdnG的催化机制。SdnG属于SnoaL_ 2家族,是一种聚酮环化酶,其晶体三维结构与NgnD类似,但是活性口袋位置相反。化合物11与SdnG晶体分子对接结果显示,化合物11主要被一些疏水残基包围,其中羧基部分与K127和H72通过盐桥相互作用,同时与S91通过氢键相互作用,而醛基通过氢键被R129和Y41锁定,并利用点突变实验证明了这个推测。

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总之,通过基因敲除、中间体结构分离鉴定、生物转化、异源表达以及体外酶学实验完整的阐述了sordarin的生物合成过程,证明了4个P450氧化酶SdnB、SdnE、SdnF、SdnH在重排过程中的功能,鉴定了一个新颖Diels-Alder酶SdnG,负责催化降冰片烯骨架的生成,进一步扩展了自然界中周环酶的种类。此外,在酵母中重建了sordarcidin生物合成途径,为这种有前途的抗真菌剂的进一步供应和组合生物合成奠定了基础。

文信息

Biosynthesis of Sordarin Revealing a Diels–Alderase for the Formation of the Norbornene Skeleton

Dr. Shuang He Liu, Jia Li Sun, Yi Ling Hu, Li Zhang, Dr. Xuan Zhang, Zhang Yuan Yan, Xing Guo, Dr. Zhi Kai Guo, Prof. Rui Hua Jiao, Dr. Bo Zhang, Prof. Ren Xiang Tan, Prof. Hui Ming Ge


Angewandte Chemie International Edition

DOI: 10.1002/anie.202205577




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