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中国科学院上海有机化学研究所（简称上海有机所）是一个集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究所。有机所创建于1950年6月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。1998年上海有机所首批进入中国科学院知识创新工程。
上海有机所以多学科交叉为特色，以有机化学基础研究和应用基础研究为主导，围绕人口与健康、资源与环境、新材料三大领域，重点突出健康和生命、环境和生态系统、资源利用与开发、新材料、能源开发应用和国家安全等领域中相关的基本有机化学课题等六大研究方向。
中科院上海有机所和上海纳孚生物科技有限公司有着多次的合作，来自不同的课题组老师。合作的项目涉及自己设计的小分子，实验室化合物找公司代为合成以及生物素接枝改性等等。建立了长期稳定的合作。
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